Křešice – stará obec je typickým příkladem kruhovitého slovanského osídlení, novější část pak podle silnice důkazem německé kolonizace. Skoro celá obec leží v inundačním pásmu a trpí velmi často záplavami. Předhistorické osídlení dokazují četné nálezy z doby neolitu, doby bronzové i železné. Na území obce byl nalezen pěstní klín, který patří k nejstarším dokladům lidského osídlení u nás – tzv. jádrová industrie staropaleolitická z doby před čtvrt miliónem let. První písemná historická zpráva je v darovací listině Spytihněva II. z roku 1057. Dnes již zaniklé vinice v okolí pocházely z doby Karla IV. V době třicetileté války byla obec z větší části pobořena, většina stavení vyhořela včetně fary a kostela (v letech 1613–1656 ).
Na znovuzřízení obce i kostela měl hlavní zásluhu prvý biskup litoměřický Mikuláš Šlejnic. Do nově zbudovaného kostela v roce 1666 daroval obraz sv. Matouše významný český malíř Karel Škréta a podle obrazu byl i kostel pojmenován. V roce 1708 dal druhý litoměřický biskup Jaroslav ze Šternberka postavit Mariánskou kapli u studánky v Křešicích a později biskup Vratislav z Mitrovic rozšířil kapli na kostel Navštívení Panny Marie. V době opevňování Terezína na konci 18. století bylo na kopci Křemíně nad Křešicemi a Třebouticemi zřízeno vojenské opevnění, které však nebylo nikdy použito. V roce 1906 byla založena v Křešicích textilní továrna – přádelna, která zaměstnávala až 500 dělníků. Česká škola byla zřízena již v době před třicetiletou válkou, německá až později. Nová česká škola byla postavena v roce 1925 nákladem tři čtvrti milionu korun. Na zdejším hřbitově je pochován kněz – buditel, filosof a básník, vrstevník Jungmanna a Dobrovského, Vincenc Zahradník. Jeho působení v Křešicích připomíná pamětní deska umístěná na budově Základní školy v Křešicích.